Le ghetto national-socialiste de Theresienstadt, situé dans le protectorat occupé de Bohême-Moravie, servit entre 1941 et 1945 de lieu de transit et de mort pour les Juifs déportés, parmi lesquels plusieurs économistes viennois.
En novembre 1941, les occupants allemands aménagèrent un camp de rassemblement et de transit dans la ville de garnison autrichienne de Theresienstadt, en tchèque Terezín. Présenté à l'extérieur comme un prétendu ghetto privilégié et un décor de propagande, il était en réalité une étape intermédiaire sur le chemin des camps d'extermination de l'Est et un lieu où des milliers de personnes moururent de faim, d'épidémies et de la promiscuité imposée. Jusqu'à la libération en mai 1945, plus de 140 000 personnes furent déportées à Theresienstadt ; environ 33 000 y moururent et 88 000 autres furent transportées plus loin vers Auschwitz et d'autres camps. Des représentants du cercle proche de l'École autrichienne furent eux aussi déportés ici. Emil Perels, cofondateur de la Société d'économie politique (Nationalökonomische Gesellschaft) et ami de jeunesse de Ludwig von Mises, arriva de Vienne à Theresienstadt le 24 septembre 1942 et fut transféré à Auschwitz le 16 octobre 1944. Le conseiller ministériel et spécialiste de Böhm-Bawerk Ludwig Bettelheim-Gabillon arriva le 9 octobre 1942 avec le convoi IV/13 et mourut le 28 février 1943 des conditions de détention.